Praktisch vor allem für Geschäftsleute und Reisende ohne Gepäck sind die Check-in-Automaten. Zentral finden Fluggäste mehrere dieser Geräte direkt nach dem Eintritt in die Abflughalle zwei. An diesen Automaten ist der Check-in mit Personalausweis, Vielflieger- oder Kreditkarte für verschiedenste Airlines möglich, zum Beispiel airberlin, Lufthansa, Swiss und KLM / Air France. Zusätzlich bietet airberlin, Lufthansa und KLM / Air France noch mehrere dieser Geräte in nächster Nähe zu ihren Check-in-Schaltern an.
Vom PC zuhause oder unterwegs über einen mobilen Internetzugang via Smartphone oder Notebook können sich Reisende ab Nürnberg auch online einchecken. Über die Website der jeweiligen Airline können die Fluggäste hier ihren Sitzplatz wählen und die Bordkarte ausdrucken oder im Pdf-Format auf ein mobiles Gerät laden. Egal ob mit der ausgedruckten Bordkarte in Papierform oder digital auf dem Smartphone - auf diese Weise überspringen Reisende das Einchecken am Schalter.
Für alle Passagiere, die bereits in Besitz einer Bordkarte sind, zusätzlich aber noch Gepäck einchecken möchten, halten die Fluggesellschaften neben den gewöhnlichen Schaltern einen „Drop-off“-Schalter geöffnet. Die klassische Variante des Check-in braucht den Geschwindigkeitsvergleich aber nicht zu scheuen. Das Einchecken am Schalter der jeweiligen Airline wird in den beiden Abflughallen des Flughafens angeboten. Getrennt voneinander findet in Abflughalle eins der touristische, in Abflughalle zwei hauptsächlich der Linienverkehr statt.
